“โรงเรียนนี้ ข้าพเจ้าได้รับไว้เป็นสถานศึกษา” ข้อความนี้เป็นพระราชดำรัสตอนหนึ่งของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งเสด็จเปิดอาคารเรียนโรงเรียนมัธยมวัดสะพานสูง (อนุวัฒน์ศึกษาคาร) เมื่อวันที่ 8 มกราคม พ.ศ.2461
       จากบันทึกคำบอกเล่าของ ครูภักดิ์ ฉวีสุข ครูใหญ่โรงเรียนมัธยมวัดสะพานสูง “อนุวัฒน์ศึกษาคาร” ได้กล่าวถึงการสร้างและ ประวัติดังนี้
       เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2460 รองหัวหมื่นพระอนุวัฒน์ราชนิยม (ฮง เตชะวณิช)ได้มีจิตศรัทธาสร้างสถานศึกษาขึ้นที่สะพานสูง บางซื่อ เมื่อสร้างเสร็จในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2460 จึงได้กราบบังคมทูลพระกรุณาพระราชทานนามว่า “โรงเรียนอนุวัฒน์ศึกษาคาร” จากนั้นรองหัวหมื่นพระอนุวัฒน์ราชนิยม (ฮง เตชะวณิช)
ได้กราบบังคมทูลอันเชิญพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดโรงเรียน ในวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2461
       ต่อมาชุมชนเริ่มขยายตัวโตขึ้นความหนาแน่นของประชากรในท้องที่บางซื่อมีมากขึ้นโรงเรียนเริ่มคับแคบไม่เหมาะสมที่จะขยาย เป็นโรงเรียนขนาดใหญ่ได้
คุณครูภักดิ์ ฉวีสุข ครูใหญ่โรงเรียนมัธยมวัดสะพานสูง “อนุวัฒน์ศึกษาคาร” จึงทำรายงานเสนอต่อ อมาตย์ตรีหลวงพิลาส วรรณสาร พนักงานตรวจการศึกษา
แขวงพระนครเหนือ เพื่อเจรจาขอที่ดินว่างเปล่า 3 แห่ง จากกระทรวงกลาโหม คือ
       1. ที่ดินหลังกรมสื่อสาร กองพันที่ 2
       2. ที่ดินริมกองทหารสื่อสาร กองพันที่ 1 ด้านเหนือ
       3. ที่ดินระหว่างถนนสะพานแก้ว (ถนนสามเสนผ่านด้านหน้าโรงเรียนในปัจจุบัน)กับโรงเลื่อยล่ำซำ (โรงเลื่อยไม้ไทยปัจจุบัน) ตรงข้ามกรมทหารม้ารักษาพระองค์
       ในที่สุดกระทรวงกลาโหม สมัยพันเอกหลวงพิบูลสงคราม รักษาการแทนปลัดกระทรวงกลาโหม ได้อนุญาตให้กระทรวงธรรมการ รับมอบที่ดินจำนวน 9 ไร่
3 งาน จากกระทรวงกลาโหม เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2479 ต่อมาเจ้าหน้าที่กระทรวงธรรมการเสนอว่า ที่ดินแปลงนี้กว้างขวาง ตั้งอยู่ในทำเลระหว่างกลางจากโรงเรียนมัธยมวัดสะพานสูงกับโรงเรียนวัดจันทร์สโมสร จึงเห็นควรย้ายนักเรียนทั้ง 2 แห่ง มารวมกันเปิดสอนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 และต่อมาได้ขยายชั้นเรียน
ออกไปถึงระดับมัธยมบริบูรณ์ (มัธยมศึกษาปีที่ 8 หรือ ม.ศ.5 ปัจจุบัน คือ มัธยมศึกษาปีที่ 6)
      โรงเรียนมัธยมศึกษาวัดจันทร์สโมสร เดิมชื่อ “โรงเรียนตระกูลดิษฐ์ศึกษาลัย”สร้างขึ้นโดย คหบดีท่านหนึ่งนามว่า “นายราชภักดี ตระกูลดิษฐ์”ตั้งบ้านเรือนอยู่ที่ท่าเขียวไข่กา ได้บริจาคทุนทรัพย์สร้างอาคารเรือนไม้สองชั้น ใต้ถุนสูง จำนวน 6 ห้องเรียน ในระยะแรก เปิดสอนในระดับประถมศึกษาปีที่ 1–4 ต่อมาได้ขยายการศึกษาออกไปจนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 ก่อนที่จะมารวมเป็นโรงเรียนโยธินบูรณะ
     กระทรวงธรรมการในสมัยพระสารสาสน์ประพันธ์ ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมการ ได้อนุมัติให้ปลูกสร้างอาคารเรียน เรือนไม้ 3 ชั้น ชั้นละ 7 ห้องเรียน จำนวน 21 ห้องเรียน เมื่อวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2477 และเริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ 6 ธันวาคม พ.ศ. 2477 โดยโรงเรียนเพาะช่าง เป็นผู้ดำเนินการ ในราคา 21,000 บาท ทำการเปิดเรียนเป็นปฐมฤกษ์ เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2478 นักเรียนโรงเรียนมัธยมโยธินบูรณะในปีแรกที่เปิดเรียน เป็นนักเรียนชายล้วน จำนวน 516 คน ครู 22 คน จำนวน 18 ห้องเรียน เปิดสอน ระดับประถมศึกษาปีที่ 2 ถึงระดับมัธยมศึกษาปีที่ 6
     ด้วยเหตุที่ได้มีการย้ายนักเรียนจากโรงเรียนมัธยมวัดสะพานสูงและโรงเรียนมัธยมวัดจันทร์สโมสร มาเรียนรวมกันในสถานที่ใหม่ ซึ่งได้อาศัยที่ดินของกระทรวงกลาโหมและตั้งอยู่ระหว่างกลางของกรมทหารหลายหน่วยงานอีกทั้งโรงเรียนและชุมชนในเขตของทหาร ได้มีการช่วยเหลือเกื้อกูลซึ่งกันและกัน พร้อมกันนั้นได้ตั้งชื่อโรงเรียนแห่งนี้ใหม่ว่า “โรงเรียนมัธยมโยธินบูรณะ” ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนโยธินบูรณะ”สืบมาจนถึงปัจจุบัน และได้แต่งตั้งคุณครูภักดิ์ ฉวีสุข อดีตครูใหญ่โรงเรียนวัดสะพานสูงเป็นอาจารย์ใหญ่ คุณครูเปลื่อง สุเสวี อดีตครูใหญ่ โรงเรียนวัดจันทร์สโมสรเป็นครูผู้ปกครอง
     โรงเรียนโยธินบูรณะ เป็นโรงเรียนสหศึกษามีนักเรียนทั้งชายและหญิงทุกระดับชั้น โดยเริ่มรับนักเรียนชาย–หญิง ในระดับชั้น มัธยมศึกษาตอนปลาย ปีการศึกษา 2538 และรับนักเรียนชาย–หญิง ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ปีการศึกษา 2541 นอกจากนี้ สำนักงานคณะกรรมการศึกษาขั้นพื้นฐานศึกษา ยังอนุมัติให้โรงเรียนโยธินบูรณะ เป็นโรงเรียนนำร่องแห่งแรกของประเทศไทย ในการเปิดสอนโครงการฯ ภาคภาษาอังกฤษ (English Program) ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1–6 ได้รับการยกย่องให้เป็น โรงเรียนต้นแบบเพื่อการเผยแพร่โครงการไปยังโรงเรียนในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เปิดสอนชั้น มัธยมศึกษาปีที่ 1–6 และอื่นๆ ดังนี้

พ.ศ. 2547	ได้เปิดสอนโครงการส่งเสริมนักเรียนเก่งสู่ความเป็นเลิศทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ (ห้องเพชรโยธิน) ขึ้นในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 และ 3 จำนวน 2 ห้อง เป็นครั้งแรก
พ.ศ. 2550	1. ได้รับคัดเลือกเป็นสถานศึกษาพอเพียงของกระทรวงศึกษาธิการ 2. ได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนประชาธิปไตยตัวอย่างจากคณะอนุกรรมการส่งเสริมการพัฒนาประชาธิปไตย ในคณะกรรมการเอกลักษณ์ของชาติ 3. ได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนคุณธรรมชั้นนำ หรือโรงเรียนวิถีพุทธต้นแบบ ของ สพท.กทม.เขต 1 4. ได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนประธานเครือข่ายผู้นำการเปลี่ยนแปลง
พ.ศ. 2551	1. ได้รับแต่งตั้งจาก สพท.กทม.1 ให้เป็นศูนย์ประสานงานโครงการฯภาคภาษาอังกฤษ(ศูนย์ภาคกลาง) 2. ได้รับคัดเลือกให้เป็นโครงงานคุณธรรมที่มีผลการดำเนินงานในระดับดีมาก จากการประกวดโครงงานคุณธรรม จาก สพท.กทม.เขต 1
พ.ศ. 2552	ได้รับคัดเลือกเป็น Best Practice จากการประกวดโรงเรียนคุณธรรมชั้นนำ ที่มีกิจกรรมพัฒนาคุณธรรม จริยธรรมดีเด่น จาก สพท.กทม.เขต 1
พ.ศ. 2553	1. ได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนในโครงการพัฒนาประเทศไทยเป็นศูนย์กลางการศึกษาในภูมิภาค (Education Hub) จากกระทรวงศึกษาธิการ และเปิดสอนโครงการหลักสูตรนานาชาติโรงเรียนโยธินบูรณะYothinburana International Programme (YBIP) ในระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 (เกรด 7) ปีการศึกษา 2553 2. ได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานให้ใช้หลักสูตรโรงเรียนโยธินบูรณะ พุทธศักราช 2552 ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 หลักสูตรโรงเรียนมาตรฐานสากล (World-Class Standard School) 3. เป็นโรงเรียนมาตรฐานสากล (World-Class Standard School) ได้รับรางวัลเหรียญทอง ระดับประเทศ จากกระทรวงศึกษาธิการ 4. ได้รับเกียรติบัตรจากการประเมินโรงเรียนคุณธรรมชั้นนำ โรงเรียนโยธินบูรณะเป็นโรงเรียนคุณธรรมชั้นนำ ที่มีผลการประเมินในระดับดีมาก ประจำปีการศึกษา 2553 จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ร่วมกับมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย 5. ได้รับประกาศเกียรติคุณให้ไว้เพื่อแสดงว่าโรงเรียนโยธินบูรณะนำนักเรียนร่วมกิจกรรมอัญเชิญ พระบรมสารีริกธาตุ งานสัปดาห์ส่งเสริมพระพุทธศาสนาเนื่องในเทศกาลวิสาขบูชา ประจำปี 2553 ณ มณฑลพิธีท้องสนามหลวง จากสำนักงานเขตพื้นที่กรุงเทพมหานคร เขต 1 6. ได้รับประกาศเกียรติคุณให้ไว้เพื่อแสดงว่าโรงเรียนโยธินบูรณะได้ทำคุณประโยชน์ นำคณะครู และนักเรียนร่วม กิจกรรมและนิทรรศการงานสัปดาห์ส่งเสริมพระพุทธศาสนาเนื่องในเทศกาลวิสาขบูชา ประจำปี2553 ณ มณฑลพิธีท้องสนามหลวง สำนักงานเขตพื้นที่กรุงเทพมหานครเขต 1 7. ได้รับเกียรติบัตรการเป็นสมาชิกเครือข่าย มูลนิธิ “เราจะเป็นคนดี” เพื่อร่วมรณรงค์ให้เยาวชนและคนในชาติ ประพฤติตนเป็นคนดี มูลนิธิ “เราจะเป็นคนดี” 8. ได้รับการประเมินจาก สพม.1 ให้เป็นศูนย์การเรียนรู้ประวัติศาสตร์ 9. ได้รับแต่งตั้งจากกระทรวงศึกษาธิการ ให้เป็นศูนย์การเรียนรู้ปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง 1 ใน จำนวน 13 โรงเรียนทั่วประเทศ 10. ได้รับคัดเลือกจาก สพม.1 ให้เป็นศูนย์ English Program